«ناگازاكی» با روایت ماجرای مرد پنجاه‌وشش‌ساله‌ای به نام «شیمورا»، كارمند اداره‌ی هواشناسی، آغاز می‌شود. شیمورا تنها زندگی می‌كند. او كم‌كم احساس می‌كند كه بعضی از لوازم خانه‌اش جابه‌جا شده‌اند.
درباره‌ی كتاب ماجرایِ رمان ناگازاكی را شخصیتی به نام «كوبو شیمورا» روایت می‌كند. كوبو مردی 56 ساله است كه به این نتیجه می‌رسد كه سال‌های عمر او رو به پایان است. او تنها زندگی می‌كند و هیچ‌گاه رابطه‌ی ...